Oorspronkelijk stond hier een slot van het machtige adellijk geslacht van de Graven van Windberg-Bogen. Zij voerden in hun wapenschild de wit-blauwe ruiten, die in 1204 – via huwelijk – aan de Wittelsbacher toekwamen en in het Beierse staatswapen werden opgenomen. Rond 1140 veranderden Albert I en zijn vrouw Hedwig hen burcht in een klooster, dat vanaf het begin behoorde tot de premonstratenzer orde, die in 1120 door Sint-Norbertus was gesticht.
Al in 1142 werd in de Romaanse basilica een eerste altaar gewijd, maar pas rond 1230 kwam het prachtig kloostercomplex tot voltooiing. Het is aan de economisch zwakka positie van het klooster in de baroktijd te danken dat het middeleeuwe kloosterensemble – met o.a. basilica, prelatuur, ambtshuis, ambachtshuis en kanselarij – grotendeels behouden bleef. Alleen het interieur van de kerk werd in de 18° seuw gewijzigd.
In 1803 werden in het kader van de secularisatie in heel Beieren de kloosters opgeheven. Ook de kanunniken van Windberg moesten hun klooster verlaten. Al hun goederen vervielen aan de staat. Waardevolle oude handschriften uit de kloosterbibliotheek kwamen in Munchen terecht of werden vernietigd. Kostbaar liturgisch vaatwerk werd omgesmolten en tegen materiaalprijs verkocht. De kloostergebouwen werden bij opbod verkocht en kwamen in privé-bezit of werden gesloopt, waaronder de meeste bijkerken.
Na een lange periode van verval kocht in 1923 de Nederlandse Norbertijnenabdij van Berne uit Heeswijk, Noord-Brabant het conventgebouw en herstelde er hat premonstratenzer kloosterleven. Vanaf 1970 werd er een vormingscentrum voor de jeugd opgezet.Abdij Windberg is thans weer een bloeiende kloostergemeenschap. Van hieruit werd in de afgelopen jaren zelfs een ander voormalig premonstratenzer klooster (Roggenburg, Landkreis Neu-Ulm) met succes opnieuw tot leven gewekt.
Windberg is vanaf 1995 in het kader van een dorpsverniewingsproject vollendig gerenoveerd. De gemeente Windberg is daarvoor dank verschuldigd aan alle staats-, gemeentelijke en particuliere instellingen, die aan het welslagen van dit project hebben bijgedragen, maar in het bijzonder aan de Direktion für ländliche Entwicklung, Landau a.d. Isar.
Onderscheiden met een Europese prijs voor dorpsvernieuwing en met vele andere erkenningen presenteert kloosterdorp Windberg zich thans als schoolvoorbeeld van monumentenzorg en als plaats waar de gschiedenis leeft.
